용어사전

고유전체학은 현재 생존하지 않는 생물이나 현생 종의 고대 개체로부터 유전체 정보를 재구성, 시퀀싱 및 분석하는 과학 분야이다. 이 분야는 화석화된 뼈, 치아, 모발, 영구동토층에 보존된 연조직, 동굴 퇴적물, 분석(糞石), 표본관 시료, 고고학적 식물 유체 등 다양한 기질에서 고대 DNA(aDNA)를 회수한다. 기술적으로 고유전체학은 차세대 시퀀싱(NGS), 극도로 짧고 화학적으로 손상된 분자에 최적화된 단일가닥 DNA 라이브러리 제작 프로토콜, 표적 혼성화 포획 농축법, 그리고 사후 손상 패턴—특히 시토신에서 우라실로의 탈아미노화와 가수분해적 탈퓨린화—을 모델링하여 진정한 고대 서열을 인증하고 현대 오염과 구별하는 정교한 생물정보학 파이프라인에 의존한다. 이 학문은 1980년대 고대 미토콘드리아 DNA에 대한 초기 연구에서 출발하여, 고인류(archaic hominin), 멸종 거대동물, 고대 식물 표본의 전장유전체 서열이 발표되면서 비약적으로 확장되었다. 고유전체학의 분석 능력은 진화생물학, 인류학, 고고학, 보전과학을 근본적으로 변혁시켰으며, 이전에는 살아 있는 생물로부터의 간접 추론으로만 접근 가능했던 시간 척도에 걸쳐 집단 교체, 적응적 유전자이입, 분기 계통 간 교잡, 자연선택의 유전체 흔적 등 진화 과정을 직접 관찰할 수 있게 하였다. 고유전체학은 또한 유전체 편집 기술을 활용하여 멸종 종의 기능적 형질을 근연 현생 종에 재도입하고자 하는 신흥 디-익스팅션(역멸종) 사업의 기반이기도 하다. 이 분야의 중요성은 스반테 페보(Svante Pääbo)가 멸종 고인류의 유전체와 인류 진화 이해에 대한 선구적 업적으로 2022년 노벨 생리의학상을 수상함으로써 공식적으로 인정받았다.

공진화는 두 종 이상의 생물이 생태적 상호작용에서 비롯된 자연선택을 통해 서로의 진화에 상호적으로 영향을 미치는 진화 과정이다. 한 종에서 형태적·생리적·행동적 적응과 같은 진화적 변화가 발생하면, 상호작용하는 종의 선택 환경이 변화하여 대응 적응이 유도되고, 이는 다시 첫 번째 종의 지속적인 진화에 피드백된다. 이러한 상호적 역학은 포식자-피식자, 숙주-기생자, 경쟁자-경쟁자, 상리공생자-상리공생자 관계를 포함한 다양한 생태적 관계에서 나타난다. 핵심 구동 기제는 각 종이 동시에 선택의 행위자이자 대상이 되어 지속적인 진화적 변화를 유지하는 피드백 고리를 생성한다는 점이다. 포식자-피식자나 숙주-기생자와 같은 길항적 상호작용에서는 이 과정이 흔히 진화적 군비 경쟁으로 나타나며, 공격적 적응(예: 독소, 속도, 감염력)이 방어적 대응 적응(예: 독소 내성, 위장, 면역 회피)에 의해 맞서진다. 식물-수분매개자 관계와 같은 상리공생적 상호작용에서는 공진화가 양측 모두에게 이로운, 긴밀하게 일치하는 형태적 형질을 만들어낸다. 공진화는 생물다양성을 형성하는 가장 강력한 힘 중 하나로 인정받으며, 상호작용하는 계통의 분화를 촉진하고, 집단 내 유전적 변이를 유지하며, 생태 군집의 구조를 조직하는 역할을 한다. 이는 숙주 면역 유전자와 병원체 독성 인자 간의 분자 수준 상호작용에서부터 전체 분류군 간의 상관적 다양화라는 거시진화적 패턴에 이르기까지 모든 분류학적 규모에서 작동한다.

**깃털 공룡(Feathered Dinosaur)**은 깃털 또는 깃털 유사 피부 부속물을 가진 것으로 화석 증거가 확인된 비조류 공룡 및 초기 조류를 포괄하는 개념이다. 주로 수각류(Theropoda) 공룡에서 확인되며, 특히 코일루로사우리아(Coelurosauria) 계통에서 광범위하게 나타난다. 단순한 단섬유(monofilament) 형태에서 분지(branched) 솜깃, 대칭 우상깃(pennaceous feather), 비대칭 비행깃(flight feather)에 이르기까지 다양한 진화 단계의 깃털이 화석으로 보존되어 있다. 깃털은 원래 체온 조절(보온)을 위한 단순 섬유 구조로 시작되었으며, 이후 종 간 시각 신호(과시·위장), 알 품기(포란), 그리고 최종적으로 활공 및 동력 비행에 이르는 다양한 기능으로 적응 방산하였다. 1996년 중국 랴오닝성 이시엔 층(Yixian Formation)에서 시노사우롭테릭스(Sinosauropteryx)가 발견된 이래, 수십 종의 깃털 공룡 화석이 발굴되었으며, 이 발견들은 조류가 소형 수각류 공룡에서 진화했다는 가설을 결정적으로 뒷받침하여 공룡 생물학과 조류 기원 연구를 근본적으로 변혁시켰다.

대진화는 종(species) 수준 이상에서 일어나는 진화적 패턴과 과정을 가리키며, 지질학적 시간 규모에 걸쳐 상위 분류군의 기원, 다양화, 멸종을 포괄하는 개념이다. 이는 관례적으로 소진화(microevolution)와 대비되는데, 소진화는 자연선택·유전적 부동·돌연변이·유전자 흐름 등에 의해 구동되는 종 이하 집단 내의 유전 가능한 변화를 다룬다. 이러한 근본적 메커니즘이 수백만 년에서 수십억 년에 걸쳐 축적되면 대진화적 변화의 기반이 되지만, 대진화 이론은 단순히 단기 집단 수준의 과정을 외삽하는 것만으로는 충분히 예측할 수 없는 대규모 현상—종 선택(species selection), 대멸종, 적응 방산, 진화적 정체(stasis), 단속 평형, 발생학적 제약, 핵심 혁신(key innovation) 등—을 별도로 포함한다. 이 개념은 고생물학, 진화발생생물학(evo-devo), 비교계통학의 핵심적 틀로서, 생명의 거시적 역사—캄브리아기 대폭발, 비조류 공룡의 방산 및 이후의 대멸종, 현화식물의 등장, 백악기 말 대멸종 이후 포유류의 다양화 등—를 해석하는 데 사용된다. 대진화는 서로 느슨하게 상관관계를 갖는 여러 '화폐(currency)'로 측정되는데, 주요한 것으로 분류학적 다양성(종 또는 속 수준의 풍부도), 형태학적 이질성(형태공간 내 체형의 범위와 분산), 기능적 다양성(생태적 역할의 폭) 이 세 가지가 있다. 이들 화폐 사이의 상호작용과 빈번한 비동조(decoupling)를 이해하는 것은 심원한 시간 속 생명의 변천을 복원하는 데 필수적이다.

비조류 공룡은 공룡상목(Dinosauria)에 속하면서 조류(Aves)에 포함되지 않는 모든 구성원을 가리키는 용어이다. 현대 계통분류학에서 새(조류)는 수각류 공룡, 구체적으로 마니랍토라(Maniraptora) 내 코엘루로사우루스류의 파생 계통으로 인정되므로, 전통적으로 '공룡은 모두 멸종했다'는 관념은 과학적으로 부정확해졌다. '비조류 공룡'이라는 용어는 멸종한 공룡 계통과 현존하는 조류 친척을 정확히 구분하기 위한 필수 수식어로 도입되었다. 비조류 공룡은 후기 트라이아스기(약 2억 3,300만~2억 3,000만 년 전)에 처음 출현했으며, 아르헨티나 이시구알라스토층에서 발견된 헤레라사우루스(Herrerasaurus)와 에오랍토르(Eoraptor) 같은 초기 형태가 대표적이다. 이후 쥐라기와 백악기를 거치며 체형, 생태적 역할, 크기 면에서 극도로 다양하게 분화했는데, 1kg 미만의 소형 깃털 마니랍토라류부터 70톤을 초과하는 용각류까지 폭넓은 범위를 아우른다. 이 집단은 공룡상목의 두 주요 전통 분류군인 용반목(Saurischia, 수각류와 용각형류 포함)과 조반목(Ornithischia, 조각류·각룡류·장순류·후두류 포함)을 수각류 내 조류 분기군을 제외한 채 포괄한다. 모든 비조류 공룡은 약 6,600만 년 전 백악기–팔레오기(K-Pg) 대멸종 사건에서 절멸하였으며, 이 사건은 유카탄반도 칙술루브에 충돌한 지름 약 10km의 소행성과 그에 따른 전 지구적 한랭화, 산불, 광합성 교란 등 환경 파괴가 주요 원인으로 널리 인정된다. '비조류 공룡'이라는 표현은 공룡상목의 단계통성(monophyly)을 보존하면서도 논의 대상이 멸종한 구성원에 한정됨을 정확히 전달하기 때문에, 현재 고생물학 문헌에서 표준적으로 사용된다.

살아있는 화석은 화석 기록에서만 알려진 근연 종과 외형적으로 매우 유사한 형태를 유지하면서, 극히 긴 지질학적 기간 동안 형태 변화가 거의 없이 존속하고, 과거에 비해 현재 분류학적 다양성이 낮은 현생 분류군에 부여되는 비공식적 명칭이다. 이 개념은 1859년 찰스 다윈이 『종의 기원』에서 처음 도입하였으며, 그는 오리너구리(Ornithorhynchus), 남아메리카 폐어(Lepidosiren), 경린어류(ganoid fish) 등을 경쟁이 덜 치열한 제한된 담수 서식지에서 오랜 시간 생존해 온 형태로 묘사하였다. 다윈은 이러한 한정된 생태적 환경에서 경쟁 압력이 약해짐으로써, 자연선택하에 대부분의 다른 계통이 겪는 분기와 변형을 거치지 않은 채 계통이 지속될 수 있다고 주장하였다. 살아있는 화석 개념은 형태적·분자적 형질 군이 수백만 년에 걸쳐 뚜렷한 순변화를 보이지 않는 현상인 진화적 정체(stasis)에 관한 논의의 중심이 되어 왔으며, 안정화 선택, 발생학적 제약, 계통적 생태적지위 보존, 서식지 추적 등 장기적 진화 보존주의의 기작에 관한 연구를 촉진해 왔다.

상동(homology)이란, 서로 다른 생물에 존재하는 구조·유전자·발생 경로가 공통 조상의 동일한 형질로부터 유래한 대응 관계를 가리킨다. 현대 생물학에서 가장 널리 받아들여지는 정의에 따르면, 두 형질이 상동적이라 함은 비교 대상 생물들의 마지막 공통 조상에 존재했던 동일한 형질로부터 유래했음을 뜻하며, 후손 계통에서 그 형질이 아무리 다른 형태나 기능으로 변형되었더라도 상동 관계는 유지된다. 대표적 해부학 사례가 사지동물(tetrapod)의 앞다리로, 사람 팔·박쥐 날개·고래 앞지느러미·새 날개 모두 하나의 근위골(상완골)에 이어 두 개의 뼈(요골·척골), 수근골·중수골·지골이 이어지는 동일한 골격 배치를 공유하며, 이는 공통 사지동물 조상으로부터 물려받은 것이다. 외형과 생태적 역할이 크게 달라도 근본적 골격 설계는 동일하다. 상동은 상사(analogy, 즉 동형형질 homoplasy)와 대비되는 개념으로, 상사는 공통 조상 없이 유사한 선택압에 대한 수렴 진화를 통해 독립적으로 나타난 유사 형질을 말한다. 척추동물의 카메라 눈과 두족류의 카메라 눈처럼 상사 구조는 공유 계통이 아닌 적응의 산물인 반면, 상동 구조는 계통 유연관계의 직접적 증거를 제공한다. 이 때문에 상동은 계통분류학의 토대가 되며, 공유 파생 상동 형질(공유파생형질, synapomorphy)은 진화 계통수를 복원하는 핵심 자료이다. 상동은 형태학을 넘어 분자생물학(직계상동 유전자·중복상동 유전자), 발생생물학(보존된 조절 유전자 네트워크), 행동학에까지 확장되어 생물학 전체를 관통하는 가장 통합적인 개념 중 하나로 기능한다.

상사 기관(상사성, 동형성)은 공통 조상으로부터 해당 구조를 물려받지 않은 서로 다른 계통의 생물에서 형태·기능 또는 그 양쪽 모두가 유사하게 나타나는 구조적 대응 관계를 가리킨다. 상사 구조는 유사한 환경적 선택압에 의해 서로 독립적으로 진화하는데, 이 과정을 수렴 진화라 한다. 대표적 사례로는 새·박쥐·곤충의 날개가 있으며, 이들은 모두 비행 기능을 수행하지만 발생학적·해부학적 기원이 전혀 다르다. 상사성은 비교생물학에서 상동성과 필수적 대(對)를 이루는 개념이다. 상동 구조가 현재 기능과 무관하게 공통의 발생학적·진화적 기원을 공유하는 반면, 상사 구조는 기원과 무관하게 유사한 기능이나 외형을 공유한다. 이 구별은 계통분류학의 토대를 이루는데, 상사 형질(동형성)을 공통 조상의 증거로 오인하면 진화적 관계 복원이 왜곡될 수 있기 때문이다. 동형성은 수렴(convergence) 외에 평행 진화(parallelism, 가까운 계통에서 공유된 조상적 발생 잠재력에 기초해 동일 형질이 독립적으로 진화하는 현상)와 역전(reversal, 파생 형질 상태에서 조상 형질 상태로 되돌아가는 현상)까지 포괄한다. 1969년 Kluge와 Farris가 도입한 일관성 지수(consistency index) 등으로 데이터세트 내 동형성의 정도를 정량화하는 것은 계통수의 신뢰성을 평가하는 데 핵심적이다.

성선택은 자연선택의 한 구성 요소로, 수정을 위한 배우자 및 배우자의 배우체(配偶體)에 대한 접근 경쟁에서 비무작위적 성공과 관련된 적응도 차이로부터 발생하는 선택이다. 성선택은 두 가지 주요 방식으로 작동한다. 동성 내 선택(성내선택)은 같은 성의 개체들이 교미 기회를 놓고 직접 경쟁하는 것(예: 전투, 영역 다툼, 쟁탈 경쟁)이며, 이성 간 선택(성간선택)은 한쪽 성의 개체가 선호를 행사하여 반대쪽 성의 교미 성공에 편향을 만드는 것(예: 장식적 과시에 기반한 배우자 선택)이다. 이 메커니즘은 생존에 직접 기여하지 않지만 번식 성공을 높이는 이차 성징—정교한 깃털, 뿔, 프릴, 음향 과시, 복잡한 구애 의식 등의 구조와 행동—의 진화를 이끈다. 성선택은 생존에 불리한 형질도 선호할 수 있으므로, 생존력 선택과의 진화적 긴장을 빈번히 유발하며, 그 결과 번식상의 이익이 생존 비용을 상회하는 화려한 장식이나 무기가 만들어진다. 성선택은 동물계 전반에 걸쳐 표현형 다양성, 성적 이형성, 종분화의 주요 동력으로 널리 인정되며, 양의 상대성장, 높은 형태 변이, 추정 과시 구조의 모듈적 성장 패턴 등을 통해 화석 기록에서도 그 영향을 탐지할 수 있다.

소진화(미시진화)란 한 집단(population) 내에서 세대를 거듭하며 대립유전자 빈도(allele frequency)가 변화하는 현상을 말한다. 진화의 가장 작은 규모에서 작동하며, 네 가지 주요 메커니즘에 의해 구동된다: 돌연변이(모든 새로운 유전적 변이의 궁극적 원천), 자연선택(적응도에 기반한 차등적 생존과 번식), 유전적 부동(소규모 집단에서 특히 두드러지는 대립유전자 빈도의 무작위적 변동), 그리고 유전자 흐름(이주를 통한 집단 간 대립유전자의 이동). 이러한 과정은 비교적 짧은 시간 규모—단일 인간 수명 내에서, 또는 불과 몇 세대에 걸쳐—관찰 가능한 유전자 풀(gene pool) 조성의 변화를 일으킨다. 하디-바인베르크 평형은 소진화를 측정하기 위한 영 가설 모형(null model)을 제공한다: 돌연변이 없음, 무작위 교배, 유전자 흐름 없음, 무한 집단 크기, 선택 없음이라는 이상적 조건을 만족하는 집단에서는 대립유전자 빈도가 일정하게 유지되어 소진화가 발생하지 않으며, 이 조건으로부터의 어떤 이탈이든 소진화적 변화를 구성한다. 소진화는 종 수준 이상에서의 진화적 패턴과 과정—종분화, 적응 방산, 화석 기록의 거시적 경향 등—을 포괄하는 대진화(macroevolution)와 구별된다. 두 규모 사이의 관계는 지속적인 과학적 논의의 대상이다: 20세기 중반의 현대종합설(Modern Synthesis)은 대진화를 일반적으로 지질학적 시간에 걸쳐 연장된 소진화 과정의 누적 결과로 묘사했지만, 일부 고생물학자·진화생물학자들은 대진화가 종 선택(species selection)이나 종분화·멸종의 차등 속도 등 집단 수준의 대립유전자 빈도 변화만으로는 환원될 수 없는 추가적 과정을 포함한다고 주장해 왔다. 소진화는 집단유전학의 경험적 토대를 이루며, 적응, 종분화, 생물 다양성의 유지를 이해하는 데 핵심적이다.

**수렴진화(Convergent Evolution)**는 계통적으로 먼 관계에 있는 서로 다른 생물 계통이 유사한 표현형 특성을 독립적으로 진화시키는 현상이다. 이 과정에서 나타나는 구조적·기능적 유사성은 공통 조상으로부터 물려받은 것이 아니라, 유사한 선택압·환경 조건·생태적 지위에 대한 독립적 적응의 결과로 발생한다. 수렴진화를 통해 형성된 구조를 상사기관(analogous structures)이라 하며, 이는 공통 조상으로부터 유래한 상동기관(homologous structures)과 구별된다. 대표적 사례로 어룡(Ichthyosauria, 해양 파충류)과 돌고래(Delphinidae, 포유류)의 유선형 체형, 조류·박쥐·곤충의 독립적 비행 진화, 유대류와 태반류의 생태적 대응종 등이 있다. 수렴진화는 자연선택이 유사한 환경 문제에 대해 제한된 수의 최적 해법을 반복적으로 산출한다는 점에서 진화의 예측 가능성과 제약에 관한 핵심 증거로 활용된다.

시조새(Archaeopteryx)는 후기 쥐라기(약 1억 5,080만~1억 4,850만 년 전) 독일 남부에서 발견된 깃털 달린 수각류 공룡 속(屬)으로, 비조류 공룡과 현생 조류를 연결하는 가장 상징적인 전이 화석으로 널리 인정받고 있다. 이 동물의 모자이크 해부학은 이빨, 긴 골질 꼬리, 날개 위의 세 개 갈고리 발톱, 복늑골(gastralia), 손·골반의 미유합 골격 등 명백한 파충류적 특징과, 비대칭 깃깃(pennaceous flight feather), 차골(叉骨, furcula), 전반적으로 새와 유사한 체형 등 분명한 조류적 특징을 한 몸에 결합하고 있다. 이 속은 1861년 헤르만 폰 마이어(Hermann von Meyer)가 바이에른 졸른호펜 석회암에서 발견된 깃털 화석 하나를 근거로 최초 기재하였으며, 이는 다윈의 『종의 기원』 출간 불과 2년 뒤의 일이었고, 진화론과 전이 형태(transitional form) 개념의 강력한 증거로 즉각 활용되었다. 현대 계통분류학에서 시조새는 모든 새와 그 가장 가까운 친척을 포함하는 분기군인 조류류(Avialae) 안에, 대체로 가장 기저적 구성원 중 하나로 배치되지만, 중국에서 발견된 새로운 화석들(안키오르니스, 샤오팅기아 등)에 따라 정확한 위치는 변동되어 왔다. 2025년 현재 14구의 골격 표본과 분리된 깃털 1점이 알려져 있으며, 대부분 알트뮐탈층과 파인텐층에서 산출되었다. 이 속에 의해 촉발된 조류 진화 연구는 깃털, 중공 골격, 차골, 기낭(air sac), 내온성 생리 등 조류의 많은 특징이 진정한 새가 출현하기 수천만 년 전에 걸쳐 다양한 수각류 계통에서 점진적으로 진화했음을 밝혀냈으며, 공룡에서 새로의 전환은 척추동물 화석 기록에서 가장 잘 문서화된 주요 진화적 전이 중 하나가 되었다.

자연 선택은 집단 내 개체들의 표현형 차이로 인해 생존과 번식에 차등이 발생하며, 그 결과 유전 가능한 형질이 세대를 거듭하면서 점진적으로 변화하는 과정이다. 이는 돌연변이, 유전적 부동, 유전자 흐름과 함께 생물 진화의 근본적인 메커니즘 중 하나이다. 자연 선택이 작동하기 위해서는 세 가지 조건이 동시에 충족되어야 한다. 첫째, 집단 내 개체들 사이에 형질의 변이가 존재해야 한다. 둘째, 그 변이가 유전 가능해야 한다(즉, 유전적 기반을 가져야 한다). 셋째, 특정 형질 변이를 가진 개체가 다른 개체보다 더 많은 자손을 남기는 차등적 번식이 일어나야 한다. 이 조건들이 충족되면 유리한 형질과 연관된 대립유전자의 빈도가 시간에 따라 증가하고, 불리한 형질과 연관된 대립유전자의 빈도는 감소한다. 자연 선택은 돌연변이와 재조합 같은 확률적 메커니즘이 생성한 유전적 변이를 비무작위적·결정론적으로 걸러내어 적응 진화, 즉 생물과 환경 사이의 적합성을 만들어 내는 과정이다. 자연 선택은 유전자형이 아닌 표현형에 작용하며, 유전자와 환경의 상호작용으로 나타난 표현형이 어떤 개체가 생존하고 번식할 가능성을 결정한다. 우연에 의해 작용하며 소규모 집단에서 영향력이 큰 유전적 부동과 달리, 자연 선택은 현재의 환경 조건에 대한 적응을 일관되게 추진한다. 복잡한 적응을 산출할 수 있는 유일하게 알려진 진화 메커니즘이며, 고생물학과 생태학에서 의학 및 유전체학에 이르기까지 현대 진화생물학의 핵심 설명 원리로 기능한다.

적응방산은 하나의 공통 조상 계통이 다양한 생태적 지위(니치)를 이용하도록 적응하면서 다수의 후손 종으로 급속히 분화하는 진화 과정이다. 이러한 다양화는 주로 생태적 기회(ecological opportunity), 즉 풍부하고 미점유되거나 충분히 이용되지 않는 자원이 활용 가능해지는 조건에 노출된 집단에 작용하는 분기적 자연선택에 의해 추동된다. 생태적 기회는 전형적으로 세 가지 주요 메커니즘을 통해 발생한다: 새롭고 덜 이용된 환경(예: 섬 군도, 호수)의 식민화, 이전에 접근 불가능했던 자원에의 접근을 열어주는 핵심 형태적·생리적·행동적 혁신(key innovation)의 진화, 또는 경쟁자의 멸종에 의한 생태적 지위의 공백이다. 계통이 다양화하며 가용 니치 공간을 채워감에 따라, 종분화 및 표현형 다양화 속도는 감소하는 경향을 보이며, 이는 초기 급속 다양화 후 감속이라는 특징적인 '초기 폭발(early-burst)' 패턴을 만들어낸다—단, 이 패턴이 모든 방산에서 보편적으로 관찰되는 것은 아니다. 이 개념은 자연선택과 종분화라는 미시진화적 과정을 생물다양성의 거시진화적 패턴과 연결해주므로 진화생물학의 핵심 원리이다. 대표적인 사례로는 갈라파고스 제도의 다윈핀치, 아프리카 대호수의 시클리드 어류, 카리브해의 아놀도마뱀, 하와이 꿀잠새류, 그리고 약 6,600만 년 전 백악기–팔레오기(K–Pg) 대멸종 이후 태반 포유류의 폭발적 다양화가 있다.

**조류 공룡(Avian Dinosaur)**은 공룡강(Dinosauria) 내에서 현생 조류(Aves)와 그에 가장 가까운 화석 근연종을 포함하는 하위 계통군을 가리키는 용어이다. 계통분류학(cladistics)에 따르면, 조류는 수각류(Theropoda) 공룡 중 마니랩토라(Maniraptora)에 속하는 계통에서 쥐라기 후기(약 1억 6,500만~1억 5,000만 년 전)에 진화하였다. 조류 공룡은 깃털과 날개, 차골(叉骨, furcula), 반월상 손목뼈(semi-lunate carpal), 속이 빈 함기골(含氣骨), 높은 대사율 등 비조류 수각류 공룡과 공유하는 다수의 형태·생리 특징을 가지면서도, 이빨 없는 부리, 퇴화·융합된 골격, 비대칭 비행깃 등 독자적 파생 형질을 발전시켰다. 약 6,600만 년 전 백악기-팔레오기(K-Pg) 대멸종에서 비조류 공룡이 전멸한 반면, 조류 공룡의 일부 계통이 살아남아 오늘날 약 10,000~11,000종에 이르는 현생 조류로 다양화하였다. 따라서 "조류 공룡"이라는 용어는 새가 공룡의 후손이 아니라 살아남은 공룡 그 자체라는 현대 계통분류학적 인식을 반영한다.

《자연선택에 의한 종의 기원, 또는 생존 경쟁에서 유리한 종족의 보존에 대하여》(On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life)는 찰스 다윈이 저술한 과학 문헌의 기념비적 저작으로, 1859년 11월 24일 런던의 존 머리(John Murray) 출판사를 통해 초판이 발행되었다. 이 책은 생물 집단이 자연선택—환경에 더 적합한 유전 형질을 지닌 개체가 생존과 번식에서 유리해지는 과정—을 통해 세대를 거치며 진화한다는 이론을 제시하였다. 생물지리학, 고생물학, 비교해부학, 사육·재배 하의 인위선택 등의 증거를 동원하여 다윈은 모든 종이 공통 조상으로부터 '변이를 수반한 유래(descent with modification)'를 통해 갈라져 나왔다고 주장했다. 이 저작은 다윈이 1831년부터 1836년까지 약 5년간 HMS 비글호를 타고 항해하면서, 특히 갈라파고스 제도와 남아메리카 해안의 생물상을 관찰한 경험에서 비롯된 20여 년간의 연구를 집대성한 결과물이었다. 다윈이 출판을 서두르게 된 계기는 1858년 앨프리드 러셀 월리스가 독자적으로 유사한 자연선택 이론을 구상했기 때문이며, 두 사람의 논문은 1858년 7월 1일 런던 린네 학회에서 함께 발표되었다. 초판 1,250부는 발행 즉시 매진되었고, 다윈은 생전에 총 6판(마지막 판은 1872년)을 출간하며 비판에 대한 응답과 수정을 거듭했다. 종의 기원은 생물 다양성에 대한 통합적 설명 틀을 제공함으로써 종이 불변의 피조물이라는 기존의 관념을 대체하여 생물학을 근본적으로 변혁시켰다. 이 저작은 현대 진화생물학의 토대를 놓았으며, 1930~1940년대의 현대종합설(Modern Synthesis)을 통해 멘델 유전학과 통합되어 오늘날 진화 이론의 핵심을 이루고 있다.